離子色譜主要用于環境樣品的分析，包括地面水、飲用水、雨水、生活污水和工業廢水、酸沉降物和大氣顆粒物等樣品中的陰、陽離子，與微電子工業有關的水和試劑中痕量雜質的分析。
所測定的陰離子包括氟離子、氯離子、溴離子、硫酸根、硝酸根、亞硝酸根、溴酸根、氯酸鹽、二氯乙酸、三氯乙酸等等陰離子和有機酸。
儀器具備ppb到ppm的分析能力。
